En 1893  l’école fondée par les sœurs Dominicaines de la Présentation est créée.

Puis, elle prend le nom « Sainte Marguerite », en 1901, en hommage à l’épouse du donateur des locaux avenue de Grammont, nommée « Marguerite ».

Au début du XXème siècle, elle est provisoirement fermée et devient tour à tour : dispensaire, foyer de jeunes filles, patronage, pour rouvrir en 1939 et accueillir une école primaire et une école professionnelle.

En 1974, elle fusionne avec « Saint Etienne » qui reçoit le collège et devient sous contrat d’association avec l’Etat en 1981.

Dès 2008, le projet de l’école est d’accueillir les élèves en situation de handicap avec la création d’une CLIS (Classe d’Inclusion Scolaire). L’établissement compte alors 5 classes.

En 2013,  l’école passe sous tutelle diocésaine et poursuit sa volonté d’accueil de tous eu travers d’un dispositif supplémentaire accueillant les élèves allophones.

En 2014 l’école déménage quartier Beaujardin dans les locaux de la paroisse. Puis 2 ans après, elle est rattachée au nouveau Groupe Scolaire Saint François d’Assise auquel elle était historiquement liée.

En 2020, l’école jouxtant l’église de la Sainte Famille et à la demande de l’évêque deviendra progressivement l’école Sainte Famille.